Milani es investigado en tres causas.

El jefe del Ejército, teniente general César Milani, quien tiene acusaciones por organizaciones de derechos humanos por su presunta participación en delitos de lesa humanidad, pidió hoy su pase a retiro por «razones estrictamente personales», se informó oficialmente.
Milani había sido puesto en la jefatura del Ejército por la presidenta Cristina Fernández en julio de 2013 y a fines de diciembre de ese año, logró el ascenso máximo de teniente general.
A través de un comunicado, el Ejército informó: «En el día de la fecha el Jefe del Estado Mayor General del Ejército, teniente General Cesar Gerardo Milani ha presentado su pase a retiro efectivo por razones estrictamente personales».
Sobre Milani existen denuncias de estar involucrados en delitos contra los derechos humanos ocurridos en la década del ’70 en las provincias de La Rioja y Tucumán.
Milani egresó del Colegio Militar de la Nación como subteniente del arma de Ingenieros, en diciembre de 1975, y durante su carrera se especializó en el área de inteligencia militar.
Pesa sobre Milani la desaparición del conscripto Alberto Ledo, ocurrida en 1976, durante el denominado operativo «Independencia» en Tucumán.
La Fiscalía de Tucumán ha pedido en los últimos meses que Milani sea indagado por la desaparición de Ledo, ocurrida el 17 de junio de 1976, cuando el actual general era un joven oficial y tenía a cargo a ese conscripto oriundo de La Rioja.
Durante esa época, Milani estaba destinado en el Batallón de Ingenieros de Construcciones 141 de La Rioja, que en un momento fue desplegado a Tucumán, durante el denominado «Operativo Independencia».
A Milani también se lo vinculó con la privación ilegítima de la libertad, en La Rioja, del ex preso político Ramón Alfredo Olivera.
Milani fue apoyado por el Gobierno durante los últimos años pese a las acusaciones en su contra, y hasta la presidenta de las Madres de Plaza de Mayo, Hebe de Bonafini, lo respaldó en varias oportunidades.
Al pasar a retiro Milani, la conducción del Ejército deberá quedar momentáneamente a cargo del subjefe de la fuerza, general de división Gustavo Motta.